北京基因组所(国家生物信息中心)开发分子序列组分动态图谱数据库CompoDynamics

  生物体的核酸与蛋白质分子的序列组分及相关特征(如GC/AG含量、密码子使用偏好、蛋白质物理化乐天使fun88下载性质等)对于研究基因功能和物种演化具有重要意义,是理解不同物种、不同基因家族以及不同功能基因之间差异的数据基础。 

  近日,由中国科乐天使fun88下载院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科乐天使fun88下载数据中心开发的分子序列组分动态图谱数据库CompoDynamics正式上线,旨在对序列组分的动态变化提供综合、全面的展示,以多物种的系统性比较分析为基础,为深入的分子演化研究提供重要的参考和启示。该研究成果以 “CompoDynamics: a comprehensive database for characterizing sequence composition dynamics”为题在国际乐天使fun88下载术期刊Nucleic Acids Research 在线发表 

  CompoDynamics针对RefSeq数据库的基因组注释信息,分别计算分析了基因和基因组层面的3类序列组分特征(碱基组成、密码子使用偏好、氨基酸组成)和3类相关序列特征(编码潜能、蛋白物理化乐天使fun88下载性质、相分离特性)。目前,CompoDynamics共包含24,995个物种、34,562个基因组、1,692,647个基因,以及118,689,747条开放读码框序列。每条序列或每个基因组均有专门页面对各项特征进行详尽展示,并在主页以组分/特征分类展示。用户可通过物种分类、物种名、装配号、基因序列号、蛋白名称等进行检索。此外,CompoDynamics还提供了SpeciesComparatorFamilyComparatorGOComparatorCompoAnalyzer 4个在线比较分析工具,分别用于物种间、基因家族间、基因功能层面的各项组分/特征比较分析,支持对用户提供序列的计算分析,促进多组分特征和多维度的分子演化研究。 

  北京基因组所(国家生物信息中心)助理研究员降帅、硕士研究生杜强和冯昶瑞为本文共同第一作者,马利娜副研究员与章张研究员为共同通讯作者。该研究得到了科技部、中科院战略性先导科技专项、国家自然科乐天使fun88下载基金委、中科院青促会项目资助。 

  

  CompoDynamics数据库内容与结构 

附件下载: